Studi In Silico Glibenclamid Sebagai Kandidat Obat Antikanker Pada Inhibitor MAP2K1 dengan Metode Revers Docking
Abstrak
Tingkat keparahan efek samping yang terkait dengan obat antikanker yang saat ini beredar di pasaran termasuk efek samping yang berpotensi fatal seperti kardiotoksisitas pada kasus dokxorubisin. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat obat baru yang memiliki efek samping rendah. Pendekatan in silico adalah metode komputasi untuk menemukan kandidat obat baru. Ligan glibenclamide dan doxorubicin diperoleh dari database PubChem, dan protein target MAP2K1, yang diperoleh dari database SwissModel, berfungsi sebagai reseptor. Pada penelitian ini ligan dan protein dipreparasi menggunakan alat PyMOL, dan hasil docking yang diperoleh dari alat PyRx berupa nilai afinitas pengikatan. Afinitas pengikatan antara protein dengan glibenclamide dan doxorubicin masing-masing adalah -9,9 kkal/mol dan -8,8 kkal/mol, hasil docking divisualisasikan menggunakan PyMOL. Senyawa tersebut mengikat glibenklamode kurang erat dibandingkan senyawa yang mengikat doxorubicin, tetapi masih berinteraksi kuat dengan protein MAP2K1. PLIP dapat digunakan untuk memvisualisasikan efek interaksi ini. Menurut temuan penelitian, senyawa glibenklamid memiliki interaksi yang baik dengan protein MAP2K1, sehingga menjadikannya target yang menjanjikan untuk obat kanker di masa depan. Untuk memvalidasi temuan ini, diperlukan lebih banyak penelitian biokimia, in vivo, dan in vitro.
Artikel teks lengkap
Referensi
2. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J Clin. 2021;71(3):209-249. doi:10.3322/caac.21660
3. Rawat PS, Jaiswal A, Khurana A, Bhatti JS, Navik U. Doxorubicin-induced cardiotoxicity: An update on the molecular mechanism and novel therapeutic strategies for effective management. Biomedicine and Pharmacotherapy. 2021;139:111708. doi:10.1016/j.biopha.2021.111708
4. Sebayang ANO. Efek Kardiotoksik Obat Kemoterapi Doxorubicin. JIMKI: Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kedokteran Indonesia. 2021;7(1):1-5. doi:10.53366/jimki.v7i1.387
5. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J Clin. 2021;71(3):209-249. doi:10.3322/caac.21660
6. Siddiqui M, Rajkumar SV. The high cost of cancer drugs and what we can do about it. Mayo Clin Proc. 2017;87(10):935-943. doi:10.1016/j.mayocp.2012.07.007
7. Li X, Zhang XX, Lin YX, Xu XM, Li L, Yang JB. Virtual Screening Based on Ensemble Docking Targeting Wild-Type p53 for Anticancer Drug Discovery. Chem Biodivers. 2019;16(7). doi:10.1002/cbdv.201900170
8. Subramaniyam N, Arumugam S, Ezthupurakkal PB, et al. Unveiling anticancer potential of glibenclamide: Its synergistic cytotoxicity with doxorubicin on cancer cells. J Pharm Biomed Anal. 2018;154:294-301. doi:10.1016/j.jpba.2018.03.025
9. KEGG pathway. Published 2023. https://www.genome.jp/pathway/hsa04010+N01592.
10. Soleimani A, Rahmani F, Saeedi N, et al. The potential role of regulatory microRNAs of RAS/MAPK signaling pathway in the pathogenesis of colorectal cancer. J Cell Biochem. 2019;120(12):19245-19253. doi:10.1002/jcb.29268
11. Hashemzadeh S, Ramezani F, Rafii-Tabar H. Study of Molecular Mechanism of the Interaction Between MEK1/2 and Trametinib with Docking and Molecular Dynamic Simulation. Interdiscip Sci. 2019;11(1):115-124. doi:10.1007/s12539-018-0305-4
12. Rezatabar S, Karimian A, Rameshknia V, et al. RAS/MAPK signaling functions in oxidative stress, DNA damage response and cancer progression. J Cell Physiol. 2019;234(9):14951-14965. doi:10.1002/jcp.28334
13. Salmasfattah N, Nurulita NA, Dhiani BA. Virtual Screening on Molecules Targeting the Interaction Between Estrogen Receptor Beta and Murine Double Minute 2. Indonesian Journal of Cancer Chemoprevention. 2023;13(3):184. doi:10.14499/indonesianjcanchemoprev13iss3pp184-194
14. Dhiani BA, Nurulita NA, Fitriyani F. Protein-protein Docking Studies of Estrogen Receptor Alpha and TRIM56 Interaction for Breast Cancer Drug Screening. Indonesian Journal of Cancer Chemoprevention. 2022;13(1):46. doi:10.14499/indonesianjcanchemoprev13iss1pp46-54
15. Dona R, Frimayanti N, Ikhtiarudin I, Iskandar B, Maulana F, Silalahi NT. Studi In Silico, Sintesis, dan Uji Sitotoksik Senyawa P-Metoksi Kalkon terhadap Sel Kanker Payudara MCF-7. Jurnal Sains Farmasi & Klinis. 2019;6(3):243. doi:10.25077/jsfk.6.3.243-249.2019
16. Jean-Quartier C, Jeanquartier F, Jurisica I, Holzinger A. In silico cancer research towards 3R. BMC Cancer. 2018;18(1):1-12. doi:10.1186/s12885-018-4302-0
17. Shaker B, Ahmad S, Lee J, Jung C, Na D. In silico methods and tools for drug discovery. Comput Biol Med. 2021;137:104851. doi:https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2021.104851
18. Tao X, Huang Y, Wang C, et al. Recent developments in molecular docking technology applied in food science: a review. Int J Food Sci Technol. 2020;55(1):33-45. doi:10.1111/ijfs.14325
19. Xu J, Rajaratnam R. Cardiovascular safety of non-insulin pharmacotherapy for type 2 diabetes. Cardiovasc Diabetol. 2017;16(1):1-12. doi:10.1186/s12933-017-0499-5
20. Dias R, de Azevedo Jr. W. Molecular Docking Algorithms. Curr Drug Targets. 2008;9(12):1040-1047. doi:10.2174/138945008786949432
21. Rezatabar S, Karimian A, Rameshknia V, et al. RAS/MAPK signaling functions in oxidative stress, DNA damage response and cancer progression. J Cell Physiol. 2019;234(9):14951-14965. doi:10.1002/jcp.28334
22. Soleimani A, Rahmani F, Saeedi N, et al. The potential role of regulatory microRNAs of RAS/MAPK signaling pathway in the pathogenesis of colorectal cancer. J Cell Biochem. 2019;120(12):19245-19253. doi:10.1002/jcb.29268
23. Hashemzadeh S, Ramezani F, Rafii-Tabar H. Study of Molecular Mechanism of the Interaction Between MEK1/2 and Trametinib with Docking and Molecular Dynamic Simulation. Interdiscip Sci. 2019;11(1):115-124. doi:10.1007/s12539-018-0305-4
24. Samatar AA, Poulikakos PI. Targeting RAS-ERK signalling in cancer: Promises and challenges. Nat Rev Drug Discov. 2014;13(12):928-942. doi:10.1038/nrd4281
25. Pratama NAL, Meilani A, Fakih TM. Studi in Silico Senyawa Turunan Kurkuminoid Terhadap Reseptor Androgen Sebagai Kandidat Terapi Kanker Prostat. Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa. 2021;4(2):29-38. doi:10.29313/jiff.v4i2.7783
26. Arwansyah A, Ambarsari L, Sumaryada TI. Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan Analognya Sebagai Inhibitor Reseptor Androgen pada Kanker Prostat. Current Biochemistry. 2014;1(1):11-19. doi:10.29244/cb.1.1.11-19
Penulis
Artikel ini berlisensi Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.