OPTIMASI SUHU ANNEALING DAN KONSENTRASI PRIMER UNTUK DETEKSI Brugia malayi MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR
Article Sidebar
-
Brugia malayi, Real-time PCR, Suhu Annealing, konsentrasi primer
Abstract
Filariasis disebabkan oleh infeksi cacing filarial dan ditularkan melalui nyamuk. Di Indonesia, 70% Filariasis disebabkan oleh Brugia malayi. Dari berbagai metode diagnosis yang ada, Real-time PCR banyak digunakan karena lebih sensitif dan spesifik. Perlu dilakukan optimasi sebelum melakukan pengujian, diantaranya optimasi suhu annealing dan konsentrasi primer. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui suhu annealing dan konsentrasi primer yang optimal untuk deteksi B. malayi. Jenis penelitian yang dilakukan adalah eksperimen semu (quasi eksperiment) dengan menentukan reaski optimal berdasarkan nilai Cycle threshold yang diamati melalui kurva amplifikasi. Optimasi suhu annealing dilakukan dengan variasi suhu 53oC, 54oC, 55oC, 56oC, 57oC. Sedangkan primer SLX-F dan SLX-R, yang digunakan dalam penelitian ini, dibuat variasi konsentrasi 10µM; 7,5µM; 5µM Real-time PCR ESCO Swift Spectrum 48. Berdasarkan hasil penelitian diketahui, konsentrasi primer 10µM pada suhu 55oC menghasilkan nilai Ct optimal (14,4) dibandingkan dengan semua variasi reaksi yang diujikan
Full text article
References
2. Pusdatin Kemenkes RI. InfoDATIN Filariasis. s.l. : Kementrian Kesehatan, 2015.
3. Detection of Brugia Parasite DNA in HUman Blood by Real Time PCR. Rao, Remakrishna U, et al., et al. 11, s.l. : Journal of Clinical Microbiology, 2006, Vol. 44.
4. CDC. Parasites - Lymphatic Filariasis. Center of Disease Control and Prevention. [Online] 25 Maret 2015. [Dikutip: 18 September 2018.] https://www.cdc.gov/parasites/lymphaticfilariasis/biology_b_malayi.html.
5. WHO. Lymphatic Filariasis. World Health Organization. [Online] 2018. [Dikutip: 18 September 2018.] http://www.who.int/lymphatic_filariasis/epidemiology/epidemiology_diagnosis/en/.
6. Spesies Mikrofilaria Pada Penderita Kronis Filariasis Secara Mikroskopis Dan Polymerase Chain Reaction (Pcr) Di Kabupaten Tanjung Jabung Timur. Santoso and Saryaningtyas, Nungki Hapsari. 2015.
7. Rapid Detection and Identification of Wuchereria bancrofti, Brugia malayi, B. pahangi, and Dirofilaria immitis in Mosquito Vectors and Blood Samples by High Resolution Melting Real-Time PCR. Thanchomnang, Tongjit, et al., et al. 6, s.l. : Korean J Parasitol , 2013, Vol. 51.
8. Penggunaan Polimerase Chain Reaction (PCR) pada Diagnosis Filariasis. Majawati, Ester Sri. Jakarta : Bagian Parasitologi Fakultas Kedokteran Ukrida.
9. NCBI. Polimerase Chain Reaction. NCBI. [Online] Bioteknologi , 9 September 2017. [Dikutip: 28 Februari 2019.] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techpcr/.
10. Advanced Techniques for Detection of Filariasis - A Review. Singh, Gurject, Raksha dan Urhekar, A.D. 2013, International Journal of Research Studies in Biosciences (IJRSB).
11. Life Technologies Corporate. Termo FIsher Scientific. [Online] 2012. [Dikutip: 02 Oktober 2018.] http://www.thermofisher.com/id/en/home.html.
12. Checklist for Optimization and Validation of Real-Time PCR Assays. Raymaekers, Marijke, et al., et al. 2009, Journal of Clinical Laboratory Analysis, hal. 145-151.
13. Noalan, Tania, et al., et al. A Technical Guide PCR Technologies. s.l. : Sigma Aldrich, 2014.
14. Dorak, M. Tevfik. Real-time PCR. New York : Taylor & Francie Group, 2006.
15. Optimisation of PCR reactions using primer chessboarding. Gunson, Rory dan Gillespie, Greeme. s.l. : Elsevier, 2003, Vol. 26.
16. Hecker, Karl H and Roux, Kenneth H. High and Low Annealing Temperatures Increase Both Specificity and Yield in touchdown and Stepdown PCR. Tallahassee : BIOTECHNIQUES, 1996. Vol. 20.
17. BIO-RAD. Real-time PCR Applications Guide. s.l. : Bio-Rad Laboratories, Inc, 2006.