OPTIMASI VOLUME TEMPLAT DNA DAN SUHU DENATURASI UNTUK DETEKSI Brugia malayi MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR

Shafira Azzahra, Fusvita Merdekawati, Acep Tantan Hardiana, Yuliansyah Sundara Mulia, Ernawati Ernawati

Abstract

Filariasis limfatik telah menjadi masalah kesehatan masyarakat di Indonesia sejak lama, lebih dari 70% kasus filariasis di Indonesia disebabkan oleh Brugia malayi. Tes PCR memiliki sensitivitas dan spesfitas yang lebih tinggi daripada kebanyakan tes lainnya. Real-time PCR adalah suatu metode dengan menggunakan fluoresens yang dapat mendeteksi DNA Brugia malayi. Volume templat DNA dan suhu denaturasi adalah komponen yang perlu dioptimasi karena keduanya menentukan kualitas produk real-time PCR. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan volume templat DNA dan suhu denaturasi yang optimal untuk deteksi Brugia malayi. Jenis penelitian yang digunakan adalah eksperimen perbandingan kelompok statis. Variasi dari volume templat DNA yang dioptimasi adalah 2 µL, 3 µL, 4 µL dan 5 µL sedangkan variasi dari suhu denaturasi yang dioptimasi adalah 93ºC, 95ºC dan 97ºC. Pada penelitian ini templat DNA yang digunakan adalah templat DNA murni Brugia malayi. Data yang digunakan adalah data primer yang didapatkan dari pengukuran nilai Ct (cycle threshold) pada setiap reaksi yang di optimasi. Hasil menunjukkan bahwa volume templat DNA 5 µL dan suhu denaturasi 93°C memiliki nilai Ct yang paling kecil. Pada penelitian ini, kondisi optimum untuk volume templat DNA adalah 5 µL dan suhu denaturasi adalah 93°C.

Full text article

Generated from XML file

References

1. World Health Organization, 2011, Global Programme to Eliminate. Monitoring and Epidemiological Assessment of Mass Drug Administration: Lymphatic Filariasis. Manual for National Elimination Programmes, World Health Organization.
2. Pusat Data dan Surveilans Epidemiologi, 2010, Filariasis di Indonesia Tahun 2015, Buletin Jendela Epidemiologi , Volume 1, ISSN 2087-1546.
3. Neeta Sehgal, D.K. Singh, Pawan Malhotra, Kapinder, Haren Ram Chiary, et al, 2017, Biology of Parasitism Morphology, Life cycles, Mode of entry of Brugia, e-PG Pathshala, New Delhi. Dalam: http://epgp.inflibnet.ac.in/epgpdata/uploads/epgp_content/S000035ZO/P000888/M020582/LM/1498560723MorphologyBrugiaQuad3.pdf . Dikutip tanggal 01 Oktober 2018.
4. Paul E. Simonsen, Mwele N. Malecela, Edwin Michael, Charles D. Mackenzie, 2008, Lymphatic Flariasis: Research and Control in Eastern and Southern Africa, DBL – Centre for Health Research and Development, ISBN: 87-91521-08-4.
5. Peter Fischer Daniel Boakye, Joseph Hamburger, 2002, Polymerase Chain Reaction-Based Detection of Lymphatic Filariasis, Springer. - Vol. Med Microbiol Immunol (2003) 192: 3–7.
6. Blirt, 2016, PCR Optimization and Troubleshooting. Dalam: http://dnagdansk.com/media/Downloads/pcr-optimization-and-troubleshooting.pdf Dikutip tanggal 13 Oktober 2018.
7. Suzanna Kennedy Nick Oswald, 2011, PCR Troubleshooting and Optimization: The Essential Guide, Caister Academic Press.
8. NCBI, 1999, Brugia malayi 5S rRNA gene and spliced leader sequence SL1. Dalam : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ . Dikutip tanggal 27 Februari 2019.
9. Tongjit Thanchomnang, Pewpan M. Intapan, Chairat Tantrawatpan et. al, 2013, Rapid Detection and Identification of Wuchereria bancrofti, Brugia malayi, B. pahangi, and Microfilaria immitis in Mosquito Vectors and Blood Samples by High Resolution Melting Real-Time PCR, Thailand : Desember, No. 6; 645-650 : Vol. 51. - ISSN (Online) 1738-0006.
10. Bio-rad, 2006, Real-time PCR Applications Guide, Bio-rad Laboratories, Inc.
11. Genomic Platform Institute, 2011, Understanding qPCR Results, Genomique. Dalam: http://genomique.iric.ca/resources/files/Understanding_qPC12. R_results/ . Dikutip tanggal 21 Mei 2019.
12. Eric Yap, James O'D.McGee, 1991, Short PCR Product Yields Improved by Lower Denaturation, Oxford UK, Oxford Unity Press, Volume 19.

Authors

Shafira Azzahra
shafzah98@gmail.com (Primary Contact)
Fusvita Merdekawati
Acep Tantan Hardiana
Yuliansyah Sundara Mulia
Ernawati Ernawati
Azzahra, S., Merdekawati, F., Hardiana, A. T., Mulia, Y. S., & Ernawati, E. (2019). OPTIMASI VOLUME TEMPLAT DNA DAN SUHU DENATURASI UNTUK DETEKSI Brugia malayi MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR. Jurnal Riset Kesehatan Poltekkes Depkes Bandung, 11(2), 198-203. https://doi.org/10.34011/juriskesbdg.v11i2.740
Copyright and license info is not available

Article Details

Most read articles by the same author(s)