PERBANDINGAN NILAI PENGUKURAN KUANTITATIF HASIL EKSTRAKSI DNA SALMONELLA TYPHI MENGGUNAKAN METODE BOILING, NAOH, KIT KOMERSIAL
Article Sidebar
-
Salmonella typhi, Ekstraksi DNA
Abstract
Demam tifoid merupakan penyakit yang sering terjadi di negara berkembang, secara global S.typhi merupakan penyebab utamanya. Di Indonesia, kasus tersangka tifoid cenderung meningkat dari tahun ke tahun dengan rata-rata kesakitan 500/100.000 penduduk dengan kematian antara 0,6 – 5 %. Pemeriksaan laboratorium untuk mendeteksi demam tifoid yaitu pemeriksaan berbasis bakteriologis, uji serologi, serta pemeriksaan berbasis biologi molekuler. Ekstraksi DNA merupakan tahapan yang penting dalam teknik molekuler untuk mendapatkan isolat DNA. Jenis penelitian yang dilakukan adalah quasi eksperimental dengan mengekstraksi DNA S.typhi menggunakan beberapa metode dan variasi perlakuan. Produk hasil ekstraksi diukur konsentrasi dan kemurniannya menggunakan Spektrofotometer NanoDrop. Hasil penelitian menunjukkan nilai tertinggi diperoleh dari produk hasil ekstraksi dengan menggunakan metode kit komersial, konsentrasi yang diperoleh adalah 2,15 ng/ μL dan kemurniannya mencapai 1,83. Pada metode boiling, konsentrasi dan kemurnian tertinggi didapatkan dari ekstraksi dengan pemanasan 100oC selama 25 menit, dengan konsentrasi 1,9 ng/μL dan kemurnian mencapai 1,73. Sedangkan pada metode ekstraksi dengan menggunakan NaOH, kemurnian tertinggi didapatkan dari ekstraksi dengan menggunakan NaOH 25 µM, dengan konsentrasi 1,7 ng/ μL dan kemurnian mencapai 1,72.
Full text article
References
2. Kementerian Kesehatan Republik Indonesia. 2006. Pedoman Pengendalian Demam Tifoid. Jakarta: Kemenkes.
3. World Health Organization. 2003. Background Document: The Diagnosis, Treatment and Prevention of Typhoid Fever. WHO/V&B/03.07. Geneva
4. Sheikha, A., Robert E, dan Jianping X. 2018. Molecular Techniques in Food Biology: Safety, Biotechnology, Authenticity and Traceability. Canada: John Wiley and Sons.
5. Doerr, H. W. 2013. Replacement of Biologic by Molecular Techniques in Diagnostic Virology: Thirty Years after The Advent of PCR Technology—Do We Still Need Conventional Methods?. Med Microbiol Immunol 202: 391-392.
6. Elkins Kelly M. 2013. Forensic DNA Biology Chapter 4-DNA Extraction. US: Elseiver.
7. Dhaliwal, A. 2013. DNA Extraction and Purification.
8. Ghatak, S., Muthukumaran RB, dan Nachimuthu SK. 2013. A Simple Method of Genomic DNA Extraction from Human Samples for PCR-RFLP Analysis. J Biomol Tech 24(4): 224-31.
9. Sarifah, Nurul. 2018. Optimasi Ekstraksi DNA Escherichia coli Menggunakan Teknik Boiling dan NaOH. Poltekkes Kemenkes Bandung.
10. Sunarno, Fauzul M, Nyoman F, Amarila M, Anis K, dan Amin S. 2014. Metode Cepat Ekstraksi DNA Corynebacterium diphtheriae untuk Pemeriksaan PCR. Bul. Penelit. Kesehat 42(2): 85-92.
11. Ahmed, O. B. Dan Anas S. 2017. Quality Improvement of the DNA Extracted by Boiling Method in Gram Negative Bacteria. International Journal of Bioassays 6(4).
12. Wulansari, N., Mala N., dan Nurjanah. 2015. Deteksi Ikan Tuna dan Produk Olahannya Berbasis Protein dan DNA Barcoding. JPHPI 18(2).
13. Jawetz, Melnick & Aldeberg’s. 2012. Medical Microbiology 26th edition. The McGraw Hill.
14. Fernando, C. O., T. G. S. Paim, K. C Reiter, A. Rieger, dan P. A. D'azevedo. 2014. Evaluation of Four Different DNA Extraction Methods in Coagulase-Negative Staphylococci Clinical Isolates. Rev Inst Med Trop Sao Paulo 56(1): 29–33.
15. Fatchiyah, S. Widyarti, E. L. Arumningtyas, dan S. Permana. 2012. Buku Praktikum Teknik Analisis Biologi Molekuler. Malang: Universitas Brawijaya.
16. Thermo Fisher Scientific. 2012. NanoDrop Lite User Guide. Thermo Fisher Scientific.
17. Nurhayati, B. dan S. Darmawati. 2017. Biologi Sel dan Molekuler. Jakarta: Kementrian Kesehatan Republik Indonesia.
18. Dibbern, et al. 2015. Evaluation of Methods of DNA extraction from Staphylococcus aureus in Milk for Use in real-time PCR. Genetic and Molecular Research Journal.